克林頓出生于阿肯色州的霍普，然后在溫泉城長大。克林頓的本名叫威廉·杰斐遜·布萊斯三世（William Jefferson Blythe III），他的父親小威廉·杰斐遜·布萊斯是一名推銷員，在比爾出生前三個月因車禍去世。比爾出生后，他的母親弗吉尼亞·德爾·卡西迪獨自一人前往新奧爾良學習護理，將比爾留在了開雜貨店的外祖父母身邊。

當時，美國南部仍然處于種族隔離狀態，比爾的外祖父卻打破社會慣例，允許所有種族的人以賒帳的形式購物。1950年，比爾的母親從護士學校畢業回到霍普，不久與溫泉城的汽車經銷商羅杰·克林頓結為夫妻。此后，比爾就與母親和繼父共同生活在溫泉城。克林頓就是由母親和這位繼父撫養的，他在15歲那年正式將姓氏改為“克林頓”。克林頓在一個暴力家庭中長大，繼父是個酒鬼和賭徒，經常虐待克林頓的母親和他同母異父的兄弟小羅杰（1956年出生）。

克林頓在學校的成績出色，而且是個很好的薩克斯演奏手，他曾一度想要成為一名專業的音樂家。在高中時他作為全國學生代表到白宮與當時的美國總統約翰·肯尼迪見面。這次的白宮之旅讓他下定決心要成為一名公務員。 　　

出身貧寒的克林頓在喬治城大學外交學院拿到國際關系學位后，又獲得了羅茲獎學金，得以到英國牛津大學深造，1973年又獲得了耶魯法學院的法學學位。在耶魯他遇到了希拉里，兩人在1975年結婚。他們育有一個女兒切爾西（1980年出生）。